Theo thông tin ban đầu, khoảng 16h chiều cùng ngày, tàu SE1 do ông Phạm Anh Hoàn thuộc đoàn tiếp viên đường sắt Hà Nội và lái tàu Đặng Ngọc Thành (thuộc xí nghiệp đầu máy Đà Nẵng) điều khiển.
Khi chạy đến km900+350 khu gian Núi Thành-Trì Bình thuộc thôn Bình An Nội (xã Bình Chánh, huyện Bình Sơn, Quảng Ngãi) đã va chạm với ô tô taxi Mai Linh 76A-03791 do tài xế Dương Đình Hiền (SN 1996, trú tại xã Bình Chánh) điều khiển băng qua đường sắt.
Cú va chạm mạnh khiến xe taxi bay xuống mương nước. Tại hiện trường, xe taxi bị hư hỏng nặng còn đầu máy tàu SE1 bị hư hỏng nhẹ. Vụ việc gây chậm tàu gần 30 phút.
Hậu quả khiến 2 bà cháu trên xe taxi tử vong tại chỗ. Danh tính nạn nhân gồm: Bà Ngô Thị Ngọc (sinh năm 1954) và cháu Nguyễn Thị Kim Phượng (SN 2019) trú tại thôn Bình An Nội (xã Bình Chánh).
3 người bị thương nặng gồm: Lê Thị Kim Hoàng (sinh năm 1997); Nguyễn Đức Đạt (sinh năm 2017) và tài xế Hiền.
Ngay sau khi nhận được thông tin, Đội CSGT đường sắt số 2, Phòng 9, cục CSGT, đã cử một tổ công tác do Thiếu tá Trần Hải Hoàng làm tổ trưởng và hai cán bộ lập tức đến hiện trường tham gia cấp cứu người bị nạn và điều tra làm rõ nguyên nhân.