Theo kết quả thanh tra hành chính của Thanh tra Bộ Tài chính, các tổng cục: Thuế, Hải quan, Dự trữ nhà nước vi phạm trong quản lý vốn đầu tư xây dựng cơ bản; nghiệm thu khối lượng công trình vượt hàng tỉ đồng.
Trong đó, Tổng cục Thuế nghiệm thu 46 công trình không đúng gần 11 tỉ đồng; Tổng cục Hải quan nghiệm thu 13 công trình không đúng hơn 3,2 tỉ đồng; Tổng cục Dự trữ nhà nước 5 công trình với 895 triệu đồng.
Đối với các cục thuế địa phương, có 4/16 đơn vị được thanh tra còn chưa hoàn thành dự toán thu ngân sách do Bộ Tài chính giao (3 cục thuế không hoàn thành dự toán năm 2013 là Hưng Yên, Gia Lai, Bình Dương; Cục Thuế Tây Ninh không hoàn thành dự toán thu năm 2014).
Đặc biệt, công tác quản lý nợ thuế tại một số cục thuế chưa tốt, tổng số tiền thuế, nợ tiền phạt năm sau tăng cao hơn năm trước. Trong đó, nợ khó thu, nợ dài hạn có xu hướng tăng như: Cục Thuế Hải Phòng tăng hơn 398 tỉ đồng, tăng 32%; Vĩnh Phúc tăng 169 tỉ đồng, tăng 34%; Lào Cai tăng 107 tỉ đồng, tăng 27%; Bình Thuận tăng gần 70 tỉ đồng, tăng 22%.
Một số cục thuế chưa kịp thời rà soát, đề xuất cơ quan có thẩm quyền điều chỉnh giấy chứng nhận đầu tư theo quy định mới, dẫn đến để sót nguồn thu.