Mới đây, Filip Nguyễn đã bị vướng vào một sự cố hiểu nhầm không đáng có. Rất nhiều trang mạng xã hội đã đăng tải thông tin thủ thành Filip Nguyễn đã từ chối khoác áo ĐT Việt Nam và muốn tập trung sự nghiệp của mình tại châu Âu. Những thông tin này xuất phát từ một bài viết được đăng tải trên trang Bez Frazi, cho rằng Filip Nguyễn từ bỏ việc nhập quốc tịch Việt Nam và ở lại châu Âu để phát triển sự nghiệp.
Tuy nhiên thủ thành đang chơi tại CH Séc này đã lập tức đính chính. Anh cho rằng Google Dịch có thể đã hiểu nhầm ý của mình và dịch sai khiến NHM lầm tưởng anh không muốn cống hiến cho ĐT Việt Nam. Thực tế, Filip Nguyễn vẫn để ngỏ cánh cửa khoác áo ĐT nhưng lúc này anh muốn tập trung chơi bóng tại châu Âu.
Sau sự cố này, Filip Nguyễn đã "ẩn mình" trên MXH. Có lẽ gặp phải quá nhiều lời chỉ trích nhằm vào mình, thủ thành này đã chủ động hủy kết bạn với rất nhiều CĐV Việt Nam và xóa các bài đăng gần đây. Hiện bài viết ở chế độ công khai mới nhất mà các fan có thể nhìn thấy trên tường Facebook của Filip là thông báo đã hẹn hò từ năm... 2017. Người hâm mộ cũng không thể nhấn nút “Kết bạn” với Filip nữa.
Thời gian qua, Filip Nguyễn đã thu hút rất nhiều sự chú ý của NHM bóng đá Việt Nam. Thủ thành này đã thể hiện một phong độ rất cao tại CLB Slovan Liberec. Tuy nhiên HLV Park Hang Seo cùng VFF vẫn chưa có ý định triệu tập thủ thành này vào danh sách ĐT Việt Nam. Filip Nguyễn hiện chưa có quốc tịch Việt Nam và cũng chưa biết nói tiếng Việt, trong khi HLV Park Hang Seo cũng không có ý định theo dõi trực tiếp thủ thành này trong tương lai.