Từ lâu nay nhiều người thường nhầm Tokyo là thủ đô của Nhật Bản. Tuy nhiên, không hề có một bộ luật nào quy định Tokyo là thủ đô của Nhật Bản mà chỉ có vài bộ luật xác định một "khu vực thủ đô" trong đó bao gồm thành phố Tokyo.
Theo truyền thống, cứ nơi nào Thiên Hoàng sa giá thì nơi đó sẽ được coi là thủ đô của đất nước Nhật Bản. Từ năm 794 tới năm 1868, nơi ở của Thiên Hoàng được đặt tại Kyoto.
Sau năm 1868, trụ sở của Chính phủ Nhật Bản và nơi ở của Thiên Hoàng đều được đặt tại Tokyo nên nhiều người vẫn cho rằng Tokyo chính là thủ đô của Nhật Bản cho đến ngày nay.
Trên thực tế, năm 1950, chính phủ Nhật Bản đã từng đưa ra quyết định đặt thủ đô tại Tokyo. Nhưng 6 năm sau chính phủ nước này đã bãi bỏ việc Tokyo là thủ đô của nước này, vì vậy đến ngày nay thì xứ sở Hoa anh đào vẫn không có thủ đô chính thức.