Bán kết AFF Cup 2016 chứng kiến một trong những thất bại đau lòng nhất của ĐT Việt Nam. Ở trận lượt về gặp Indonesia trên SVĐ Mỹ Đình, thủ thành Nguyên Mạnh đã có tình huống trả đũa, đấm đối thủ sau khi bị chơi xấu. Ngay lập tức tình huống này không qua được mắt trọng tài và Nguyên Mạnh phải nhận một chiếc thẻ đỏ trực tiếp. Chơi thiếu người, ĐT Việt Nam vẫn thi đấu vô cùng quả cảm và Indonesia chỉ có được chiến thắng sau quả penalty gây tranh cãi ở hiệp phụ.
Sau trận đấu này, Nguyên Mạnh là cái tên gặp phải sự chỉ trích rất lớn. Nhiều CĐV cho rằng chính tấm thẻ đỏ của anh đã khiến ĐT Việt Nam thua trận. Thủ thành người Nghệ An bị coi là "tội đồ", là người đã khiến giấc mơ vô địch AFF Cup 2016 vỡ vụn.
Gần 3 năm trôi qua, sự nghiệp của Nguyên Mạnh gặp nhiều biến cố. Anh từng gặp phải một chấn thương và phải nghỉ thi đấu gần như toàn bộ mùa giải trước. Tuy nhiên sau khi trở lại ở V.League 2019, những nỗ lực và sự cố gắng của anh đã giúp SLNA có được thành tích rất tốt ở giai đoạn lượt đi. Và phần thưởng xứng đáng nhất cho Nguyên Mạnh chính là sự trở lại ĐTQG Việt Nam sau gần 3 năm vắng bóng.
Sau khi nhận được tin, Nguyên Mạnh thực sự hạnh phúc. Anh chia sẻ với VnExpress: “Tôi nghe một người đồng đội nói tôi có thể được gọi vào đội tuyển lần này nhưng mọi thứ chưa chắc chắn. Đến chiều nay 27/5, sau buổi tập ở SLNA, tôi nhận được tin chính thức. Tôi vui chỉ muốn hét lên. Đây giống như giấc mơ trở thành sự thật vậy”.
“Tôi sẽ nỗ lực hết mình để nắm bắt mọi cơ hội, dù nhỏ nhất. Nhưng phải thừa nhận lúc này Đặng Văn Lâm đang có phong độ tốt, và chắc chắn sẽ là sự lựa chọn số một. Ngoài ra, Nguyễn Văn Toản cũng chơi rất hay dù còn trẻ. Nhưng càng có người giỏi thì mình càng phải nỗ lực hơn”.
Theo kế hoạch, Nguyên Mạnh cùng đồng đội sẽ hội quân tại Hà Nội vào ngày 1/6 và lên đường bay thẳng sang Bangkok. Đội sẽ nghỉ qua đêm tại đây trước khi di chuyển đến Buriram vào sáng hôm sau, 2/6.