Kết thúc giai đoạn I, V.League 2023 xác định nhóm đua vô địch (A) gồm: CLB Công an Hà Nội, Thanh Hoá, Hà Nội FC, Viettel, Hải Phòng, Bình Định, Nam Định và Hồng Lĩnh Hà Tĩnh. Nhóm đua trụ hạng (B) gồm: CLB Sông Lam Nghệ An, Hoàng Anh Gia Lai, Khánh Hoà, Đà Nẵng, TPHCM và Bình Dương.
Ở nhóm A sẽ có 8 đội thi đấu vòng tròn một lượt rồi tìm ra nhà vô địch cùng thứ hạng 2-8, thời gian diễn ra từ ngày 15/7 - 27/8. Bốn đội có thứ hạng cao nhất ở giai đoạn I sẽ được ưu tiên thi đấu trên sân nhà 4 trận trong khi bốn đội có thứ hạng thấp hơn chỉ được thi đấu 3 trận sân nhà.
Hai vòng cuối 6 và 7 sẽ diễn ra cùng ngày, cùng giờ. Vòng 7 (12/8) và vòng 8 (27/8) cách nhau nửa tháng nhằm tạo điều kiện cho CLB Hải Phòng tham dự vòng sơ loại C1 Châu Á 2023/24, VPF dự kiến tổ chức các trận đấu ở Cúp Quốc gia đắp vào khoảng nghỉ này.
Nhóm B gồm 6 đội thi đấu vòng tròn một lượt để tìm ra đội xuống hạng cùng các thứ hạng 9-13, thời gian diễn ra từ ngày 15/7-11/8. Ba đội có thứ hạng tốt hơn ở giai đoạn I sẽ được thi đấu 3 trận trên sân nhà trong khi ba đội có thứ hạng thấp hơn chỉ được thi đấu 2 trận sân nhà. Hai vòng 4 và 5 sẽ diễn ra cùng ngày, cùng giờ.
Theo thể thức, đội vô địch V.League 2023 sẽ nhận thưởng 5 tỷ đồng nhiều hơn 2 tỷ đồng so với mùa giải trước, các đội có thành tích cao ở mùa giải năm nay sẽ không dự giải châu Á. Điểm số trên BXH được tính bằng điểm giai đoạn I cộng giai đoạn II, nếu đội trong nhóm B có điểm số cao hơn đội trong nhóm A sau khi mùa giải khép lại thì thứ hạng tối đa của đội ở nhóm B vẫn chỉ là 9.
Trong nhóm có từ hai CLB trở lên bằng điểm, thứ hạng sẽ được tính dựa trên các tiêu chí: hiệu số, tổng số bàn thắng, điểm fair play (thẻ vàng, thẻ đỏ) và bốc thăm. Trong trường hợp xác định thứ hạng có tính chất tranh chấp huy chương hoặc xuống hạng, sau khi xét điểm fair play mà vẫn bằng nhau thì không tiến hành bốc thăm mà sẽ tổ chức trận play-off để xác đinh.
Theo VPF, dự kiến các trọng tài VAR sẽ làm nhiệm vụ ở một số trận không mang tính chất quan trọng vào cuối mùa để làm quen và vẫn tiếp tục mời các trọng tài ngoại điều khiển những trận cầu nóng.
Trong trường hợp CLB rút lui hoặc bị loại khỏi giai đoạn II thì chỉ hủy bỏ kết quả thi đấu gồm điểm số và bàn thắng (nếu có) giữa CLB này với các CLB khác ở giai đoạn II.