Nghiên cứu dựa trên dữ liệu giải trình tự gene của 3 chủng virus được Trung tâm Kiểm soát và Phòng ngừa dịch bệnh Trung Quốc (CDC) công bố. Hai chủng của bệnh nhân ở Bắc Kinh và một chủng từ môi trường. Georg Hahn, một nghiên cứu viên Khoa Thống kê, trường Y tế Công cộng Harvard T.H.Chan và nhóm của ông đã so sánh những gene này với hơn 7.000 trình tự bộ gene được báo cáo từ khắp nơi trên thế giới. Họ phát hiện ra 3 chủng trên nằm trong nhóm chủ yếu lưu hành ở châu Âu, nhưng gần đây được báo cáo là "gần như chỉ có" ở khu vực nhiệt đới của châu Á. "Các ca nhiễm mới ở Bắc Kinh là do lây truyền từ (Đông) Nam Á" từ tháng 4-6, ông Hahn và cộng sự tuyên bố trong bài báo đăng trên trang bioRxiv.org hôm 30/6.
Một cụm lây nhiễm mới nổi lên tại Bắc Kinh vào ngày 11/6 sau gần 2 tháng không có ca nhiễm nào. Hơn 7 triệu người tại thủ đô Trung Quốc đã được làm xét nghiệm trong nỗ lực kiểm soát bùng phát. Cho đến nay đã có 326 ca nhiễm, nhiều người trong số họ có liên quan tới một chợ đầu mối thực phẩm. Tại Vũ Hán, nơi virus mới được báo cáo lần đầu vào tháng 12/2019, các trường hợp mới đầu tiên cũng có liên kết tới một chợ thực phẩm. Wu Zunyou, nhà khoa học trưởng tại CDC Trung Quốc nói rằng sự giống nhau đó có thể là đầu mối quan trọng để biết được nguồn gốc của dịch. Cả 2 thành phố đều có các ca nhiễm "tập trung tại khu vực nơi bán hải sản. Trình tự gene di truyền cho thấy virus tại Bắc Kinh có thể không đến từ động vật, cũng không bắt nguồn từ các chủng phổ biến trước đó".
Trong một báo cáo tuần trước, CDC Trung Quốc cho biết các chủng được tìm thấy trong đợt bùng phát mới nhất tại Bắc Kinh là nhập khẩu và virus có thể được đưa vào chợ bởi người nào đó nhiễm bệnh, hoặc từ thực phẩm vấy bẩn từ nước ngoài. Yang Peng, một nhà nghiên cứu thuộc CDC Trung Quốc nói với truyền thông địa phương rằng cuộc điều tra của họ chỉ ra "hướng châu Âu". Nhưng Wu Guizhen, người đứng dầu Viện Phòng ngừa và Kiểm soát Bệnh Virus Quốc gia nói rằng các chủng được tìm thấy ở Bắc Kinh có 2 "đột biến nước ngoài", một được báo cáo lần đầu ở châu Âu, một được báo cáo lần đầu tại Anh trước khi lây lan khắp châu Âu và châu Mỹ. Những đột biến này được phát hiện ở Trung Quốc hồi tháng 3, do các du khách trở về từ nước ngoài mang về. Bà Wu nói thêm rằng các chủng được tìm thấy ở Bắc Kinh lâu đời hơn so với các chủng đang lưu hành ở châu Âu về mặt di truyền.
Phức tạp hơn, giám đốc CDC Trung Quốc Gao Fu nói với tờ Beijing Daily hồi tháng trước rằng virus có thể đã có mặt tại chợ thực phẩm Bắc Kinh từ 1-2 tháng trước khi dịch bùng phát. Virus được cho là thích nhiệt độ thấp và Gao nói nó có thể ẩn nấp trong môi trường lạnh, tối tăm, ẩm ướt của chợ.
Nhưng theo một nhà nghiên cứu của Viện Hàn lâm Khoa học Trung Quốc, có thể vụ dịch này là do "một sự kiện gần đây, có thể là vào tháng 6". Nhóm nghiên cứu của họ đã phân tích hơn 60.000 trình tự gene virus trong cơ sở dữ liệu toàn cầu. Họ nhận thấy hơn 200 chủng virus có liên quan chặt chẽ đến những mẫu ở Bắc Kinh. "Điều đó có nghĩa là chúng có thể đến từ bất cứ đâu", nhà nghiên cứu nói.